يُجرى فحص الأجنة للكشف عن الأمراض الوراثية بعد الحقن المجهري وقبل إعادة الأجنة إلى الرحم. يتم خلال هذا الفحص أخذ عينة من كل جنين ملقح وفحصها للتأكد من خلوها من الأمراض الوراثية التي تم تشخيصها مسبقًا لدى الوالدين.
بعد إتمام الفحص، يتم اختيار الأجنة السليمة وإعادتها إلى الرحم. يساعد هذا الفحص العديد من الأسر والعائلات التي تعاني من الأمراض الوراثية في تخطي هذه المشكلة، ولا يتطلب بالضرورة وجود مشاكل في الإنجاب. كما يلجأ إليه بعض العائلات كإجراء وقائي لتجنب الإصابة بأمراض وراثية قد تنجم عن جينات متنحية أو أمراض غير واضحة في العائلة.